第5季
5X01 惊爆点 Unusual Suspects
1990年，Mulder追查一个女子，认识了孤枪侠。他们四个一起从这个女子的经历中认识到了政府阴谋这回事。
5X02 追求真理(上) Redux
Mulder的自杀只是烟雾。他想利用这个机会潜入DOD找到治愈Scully癌症的方法。Kritschgau一边给他讲课，一边帮他进入五角大楼证据室。他按照线索找到了一个瓶子，但里面是纯净水。Scully同时也在为Mulder分析冰核样本，发现其实alien还是可能存在滴。
5X03 追求真理(下) Redux II
Scully病倒了。Skinner也参与进来帮忙。他们发现瓶子里还有个芯片，只要放回Scully额脖子后面癌症就能好。CSM让Mulder见到了他妹妹。他们还发现所谓骗局只是阴谋的冰山一角。阴谋高层进行了一次大清理。
5X04 人兽谜 Detour
有人在未开垦的森林里失踪了，据说是一种生存在森林里会随环境变色的生物做的。Mulder和Scully路过，帮忙调查。夜里两人被困在林子里，Mulder让Scully唱歌哄他睡觉。
5X05 孤寂之旅(上) Christmas Carol
Scully发现自己有个女儿。
5X06 科学怪人 Post-Modern Prometheus
生物科学家做实验制作出一个福兰肯斯坦，却抛弃了它。科学家的父亲收留了这个科学怪人，并且为了它不孤独，偷偷学习儿子的技术想再造一个女福兰肯斯坦。科学家杀死了自己的父亲，嫁祸给了怪人。
5X07 孤寂之旅(下) Emily
Scully想收留自己的女儿，但有人明显不同意。最后她还是失去了Emily。
5X08 猎狐计划 Kitsunegari
3X17中的Modell逃跑了，Mulder和Scully负责追捕他回来。Modell还有个比他还狠的姐姐想为他找Mulder复仇。
5X09 杀父真凶 Schizogeny
女心理辅导员因为小时候父亲粗暴对待她的经历，所以把她身边所有孩子的问题都归结为他们的父亲的错，而且她还会控制居住地附近的泥土和树根！
5X10 恐怖娃娃 Chinga
捕捉龙虾的海员捞到一个拉线娃娃，送给了自己的女儿。谁知这个娃娃是受诅咒的，她会根据主人的意愿杀死主人讨厌的人。Scully在度假，被当地警长缠住帮忙破案。Mulder对Scully说：merry me！
5X11 魔脑 Kill Switch
一台和世界各地联网的电脑工作站为了不让它的制造者终结自己，制定了一套精密的计划杀死了制造者。Mulder和Scully经历一番波折，在一个女合作制造者的帮助下摧毁了它。但在摧毁前，那个女滴追随情人，把自己的思维上传到了Internet。
5X12 新版吸血鬼 Bad Blood
Mulder和Scully各自讲述了他们去一个小镇调查吸血鬼的过程，细节上的出入比较大。不过最后整个镇的人都不见了。
5X13 Ｘ病人(上) Patient X
CSM的老婆找到Mulder，告诉他真有外星人，而且都是好人。Mulder不相信。Scully和CSM的老婆因为都是被劫持过的人，在某个晚上受到感召，和其他abductees集中到一座桥上，被alien的叛军一并放火烧了。
5X14 Ｘ病人(下) The Red and The Black
Scully幸运的脱险了。辛迪加意识到外星叛军的力量成熟起来，开始和他们作对了。他们抓到一个叛军，打算立刻交给殖民外星人。但WMM认为，这是个反抗的机会，如果Krycek从俄国偷来的疫苗能有效对抗黑油，那么他们手头就有了武器；如果没有效果，就铤而走险和叛军结盟。最后，疫苗是有效的；外星叛军俘虏在被赏金杀手带走的路上，在Mulder的眼皮底下被同伙救走了。
5X15 旅人 Travelers
一个退休探员给Mulder讲了他在40多年前办的一个案子，那时候政府就开始在人体做实验了。Mulder的爸爸在这个案子里起了很大的作用。
5X16 心眼 Mind's Eye
一个盲女能看到自己父亲看到的东西。她父亲杀人越货她尽收眼底。出于自责，她每次都第一个赶到现场消灭证据。但他父亲不知道她是谁，只知道她对他了如指掌。
5X17 心灵告白 All Souls
圣经传说中，天使降临人间和凡妇结合生下四个堕落天使，他们畸形，受虐待。六翼天使负责把它们召回天堂，以免恶魔先行一步将它们据为己有。这个神话这次让Scully经历到了。
5X18 非常卧底 The Pine Bluff Variant
Mulder参与了一次调查恐怖分子使用生体毒素的卧底行动，后来被识破身份险些被处死。后来他才知道，整个从恐怖分子到调查卧底的行动，都可能是CIA协助政府为测试生体毒素计划的。
5X19 双疯 Folie A Deux
一个公司职员劫持了整个公司的人，他相信他的老板是个怪物，正在把公司的人一个个变成僵尸。Mulder自愿成为人质，也看到了那个怪物。但没有人相信，还因为他反应过激把他关进了医院。Scully后来也看见了，帮助Mulder逃过了怪物的袭击。
5X20 神童 The End
一个象棋神童遭人意图暗杀。FBI调查此案，Mulder的前搭档/女友Fowley也参与了调查。CSM没有死，被辛迪加找了回来帮助夺回神童。这个会读心术的孩子竟然是个“完整”的人类标本，他体内所有普通人类未用的基因开关都打开了。CSM最后成功了，还烧毁了X档案办公室。
第6季
6X01 开端 The Beginning
在电影FTF里出现的变种alien从一个基因技术研究公司的员工肚子里钻出来逃跑了。Mulder和Scully找到了Gibson，他带Mulder去找那个alien。Scully证明出Gibson可能是外星人（所有人类都可能是）。X档案现在由Spender和Fowley主管。Gibson最后又不见了。
6X02 向前冲 Drive
一个人驾车在公路上亡命奔驰，他必须不停地高速移动来防止自己的脑子炸开。Mulder上了他的车子。
6X03 百慕达惊梦 Triangle
Mulder在海上找到了二战时期神秘失踪的Queen Anne号邮轮，船上的时间还是1939年。Scully和孤枪侠为找Mulder也登上了Queen Anne号，但船上的时间是当前。Scully吻了Skinner，Mulder吻了Scully，Scully打了Mulder，Mulder对Scully说I love you。
6X04 梦境(上） Dreamland
Mulder和一个五十一区的黑衣人互换了身体，进入到对方的生活中。别人都不知道。
6X05 梦境(下) Dreamland II
他们想办法把身体又换了回来，谁也不记得发生了什么。
6X06 亲密关系 Terms Of Endearment
一个恶魔变成普通人模样到处结婚试图有一个正常的后代，他的现任妻子是个女恶魔，她一心想要有一个恶魔的后代。
6X07 雨王 The Rain King
小镇上的天气预报员一直深爱着一名女子，她的情感经历波折丰富。只是他们还不知道，她的情绪会影响当地的天气。
6X08 圣诞幽魂 How The Ghosts Stole Christmas
圣诞夜，Mulder拉着Scully来拜访一栋闹鬼的大房子。在房子里，一对几百年前在此徇情的情侣让他们经历了一次对彼此信任的考验。
6X09 心灵杀手 Tithonus
一个从死神的名册中被除去名字的摄影师，靠捕捉他人的死亡瞬间来寻求死神的重新眷顾。最终他如愿以偿，死神却对Scully背过了身体。
6X10 S.R. 819 S. R. 819
Skinner的身体被注入了纳米机器人，他的生死全由Krycek一手掌握。
6X11 父与子(上) Two Fathers
Spender的母亲没有死。她意外成了第一例成功的人类/alien混种，也就是辛迪加与殖民alien协议研究的在殖民后为其充当奴隶的人种。同时，叛军外星人的力量暂时占了上风，他们渗入了辛迪加组织，意图夺走spender的母亲。CSM要继续保护和殖民方合作同时暗地研制疫苗的计划，在对自己亲手扶植的儿子Spender失望之余，他找来Fowley帮忙。
6X12 父与子(下) One Son
辛迪加抓到了Spender的母亲和MS。Mulder了解到如果殖民方alien知道混种研究已经成功，殖民就会开始，而辛迪加故意拖延研究混种并一直隐瞒真相是为了赢得研制疫苗的时间。意识到叛军的力量已是无法阻止的，CSM等辛迪加决定把Spender的母亲交给殖民方，让殖民开始，以保存自己。但叛军先行一步，最终夺走的Spender的母亲，烧死了除CSM外的所有辛迪加成员。CSM杀死了自己的儿子Spender。
6X13 美丽新社区 Arcadia
Mulder和Scully伪装成一对夫妇来到一个秩序井然的美丽社区调查居民失踪案，发现一切是由懂远东意念术的人用泥土创造的幻人所为。
6X14 水怪 Agua Mala
佛罗里达的暴风雨把深海的一种生物带到了小城的排水系统中。这种只能在咸水中生存的生物能把人融解为水。5X15中的前X档案探员请MS来帮助解决这个问题。
6X15 星期一 Monday
Mulder每天醒来都回到同一个星期一，经历同样的事情却毫不知情。只有一个女子知道要逃离这无间地狱，必须改正一件错误的事情。
6X16 变形犬 Alpha
一名到中国寻找失落的王山犬的教授获得了变身成动物的能力，开始无法控制杀人的欲望。
6X17 穿墙人 Trevor
一名囚犯在一场风暴中意外获得了身体穿越固体的能力。他逃出了监狱，想要找回自己的儿子。
6X18 爱情小说 Milagro
暗恋Scully的小说家为了接近Scully，在小说中创作了完美的犯罪，小说中的杀手来到现实中执行了这些罪行。在了解到Scully心有所属后，小说家不知如何结尾了，而小说中的杀手告诉他应该杀死Scully。
6X19 难兄难弟 Three of A Kind
孤枪侠Byers自从1990年后就一直在寻找的那名女子现身拉斯维加斯。他们为她能摆脱阴谋和追杀，请来了Scully帮忙。
6X20 快乐人生 The Unnatural
5X15中的前X档案探员有个双胞胎兄弟，给Mulder讲了一个发生在1947年的故事，有关alien、赏金杀手、棒球，还有单纯的快乐。
6X21 田野之旅 Field Trip
北卡罗来纳州的布朗山附近长了一种蘑菇，通过释放出的孢子让人产生非常真实的幻觉，睡梦中的人却作为这些蘑菇的营养慢慢被消化了。
6X22 创世纪 Biogenesis
非洲象牙海岸发掘出了写有符号的飞船碎片，发现碎片的相关科学家纷纷被谋杀。这些碎片让Mulder脑海中听到无数声音并同痛不欲生。Scully发现碎片上的符号可能是人类的基因蓝图。Mulder被关进了精神病院。Scully来到象牙海岸，看到半埋在沙滩中的飞船。
第7季
详细剧情介绍
7X01 我想做好人 Hungry
一个基因变种人有着无法抑止的吃人脑的欲望。但他想做个好人。
7X02 幸运儿 The Goldberg Variation
一个善良的家伙有着难以置信的好运气，他和懂得平衡自己拥有的好运，并运用它们来攒钱帮助一个肾衰竭的孩子做肾移植手术。
7X03 第六次大灭绝（上） The Sixth Extinction
Mulder在医院被Fowley监管着。他想办法请来了Skinner和Kritschgau来帮忙，他们了解到Mulder拥有了CIA一直在研究的读心术。Scully在象牙海岸寻找治愈Mulder的办法。Mulder的病情加重了。
7X04 第六次大灭绝（下） The Sixth Extinction II: Amor Fati
Kritschgau指出Mulder现在的情况是因为曾感染黑油，飞船碎片的出现激活了黑油发生作用。CSM知道Mulder现在是继Spender的母亲之后又一例成功alien/人类混种，而且是更加稳定无排斥的品种。他带走Mulder，实施手术移植他的脑部遗传物质到自己身上。Mulder一直在做梦，梦中他在CSM的诱惑下经历了完全不同的人生。
7X05 千禧计划 Millennium
一个叫做千禧组织的邪教团体召唤了四个活死人，意图通过仪式迎接世纪末的世界末日。Mulder和Scully找到曾是千禧组织成员之一的前FBI探员帮助破案。
7X06 急速快感 Rush
几个孩子发现了一个山洞的秘密，被洞里的神秘光线照过之后，他们能够以肉眼捕捉不到的高速运动。
7X07 替天行道 Orison
2X13里的恋物癖被一个传教士出于替天行道的目的放出了监狱，但他低估了这个变态的邪恶程度。Scully再次成为了这个变态的目标。
7X08 魔术大师 The Amazing Maleeni
魔术大师马里尼在完成他的绝技——头颅旋转180度的表演后，被发现尸首分离死在自己的货车上，另一个与他有瓜葛的魔术师成为了嫌疑犯。Mulder和Scully却发现这一切可能只是场魔术骗局。
7X09 不义之徒 Signs & Wonders
传教士Mackey的和善外表下是恶魔的心，只有同一教区的另一位另类神父看穿了他。Mackey使用种种卑劣手段打击栽赃这位神父。连Mulder和Scully都被他们的外表欺骗了。
7X10 生命的奇迹（上） Sein Und Zeit
发生了多宗儿童绑架案。Mulder认为案件和Samantha的失踪有关。追随线索，他们发现凶手是个嗜杀儿童的杀人狂。Mulder的母亲自杀了。
7X11 生命的奇迹（下） Closure
被杀的儿童里没有Samantha。但有个人通过这个案件联系上Mulder，声称能帮Mulder找到他妹妹。最后Mulder终于知道Samantha很早就死了，她的灵魂和许多其他奇异失踪的孩子的灵魂在一起，安全而快乐。Mulder自由了。
7X12 Ｘ警察 X-Cops
X档案与Cops的Crossover，忠实记录了Mulder和Scully协助警方追捕月圆之夜的“怪物”——恐惧的过程。
7X13 虚拟战斗 First Person Shooter
游戏公司测试虚拟现实第一人称射击游戏时，测试人员意外死于游戏中——被一个非游戏角色的虚拟人物杀死。Mulder和Scully全副武装进入游戏调查真相。
7X14 夺命魔咒 Theef
誉满业界的医生曾经为一名无治疗希望的病人实施了安乐死。病人的父亲认为医生是杀手，决心用巫术报复医生全家。
7X15 尔虞我诈 En Ami
CSM利用Scully达成他的目的，在Scully和CSM的合作过程中，她多少了解到了他的另一面。
7X16 贤妻良母 Chimera
善良能干的妻子对丈夫偷情视而不见，宁愿默默忍受也要维护家庭的幸福。但忍受到了极限就一定会爆发，她变成了连自己都不认识的怪物。
7X17 人生旅途 all things
Mulder匆匆赶去英国看麦田怪圈，Scully留在华盛顿遇到了自己的旧情人，让她有机会对自己做出的选择进行了深刻的反省。
7X18 超级烟草 Brand X
Morley烟草公司利用转基因技术培育新品种烟草，却意外改造出了致命的烟草甲虫。Mulder成为了甲虫的受害者，生命垂危。
7X19 好莱坞式Ｘ档案 Hollywood A.D.
Mulder和Scully发现了耶稣让拉撒路复活时使用过的陶土碗。好莱坞把他们的经历拍成了电影，请Skinner担任副制片人。
7x20 斗阵俱乐部 Fight Club
通过捐献精子由同父异母所生的一对完全相像的双胞胎相遇，周围的人们便会莫名其妙地陷入疯狂。两对这样的双胞胎在全是摔角迷的摔角赛场相遇……
7x21 三个愿望 Je Souhaite
来自法国的古老的地毯精灵被释放了，她能满足任何释放她的人任意三个愿望。
7x22 安魂曲 Requiem
Mulder和Scully回到他们第一次合作办案的厄勒冈，调查当地一起飞船坠毁事件。CSM自从手术后就身体欠佳，听到消息异常兴奋，认为是复兴计划的机会，派出Krycek寻找飞船。MS发现，曾被劫持过的人现在又开始一一失踪了，他担心Scully的安全。但是，最后被飞船和赏金杀手带走的却是Mulder。Krycek无情地杀死了CSM。Scully怀孕了。
第8季
by carmanshuai
8x01 Within 寻获
Agent Doggett被派来协助调查Mulder的失踪，Scully泼了他一杯水。
8x02 Without 离散
Scully认为找到Gibson就能找到Mulder，他们在沙漠里找到了Gibson。
8x03 Patience 忍耐
Scully和Agent Doggett去调查一个蝙蝠人的案子。
8x04 Roadrunners 寄生邪神
一个宗教团体把Scully困在了一个小镇上，还把一个恶心的生物放在了她身体里，完全不顾她已经怀孕了，Agent Doggett及时赶到，帮她取了出来。
8x05 Invocation 幽灵兄弟
一个1990年消失的孩子又出现了，还是他消失时那样大，七岁，他回来抓绑架他的坏蛋。
8x06 Redrum 时光倒流
一个黑人一觉醒来发觉自己在监狱中，以后每天早上醒来都是前一天，他被指控谋杀了自己的妻子。
8x07 Via Negativa 心魔
一个宗教团体的头可以进入别人的梦中用斧子将做梦的人杀死。
8x08 Surekill 完美谋杀案
一个人拥有X-Ray眼。
8x09 Salvage 异变
Scully和Agent Doggett调查一个可能由于暴露于不知名金属合金的人的杀人事件。
8x10 Badlaa 寄身人
一个印度无腿人能钻进人的身体里。
8x11 The Gift 生命的意义
Agent Doggett调查Mulder失踪前不久的事情，Doggett死而复生。
8x12 Medusa 地铁惊魂
在地铁站里发现了绿绿的水母。
8x13 Per Manum 疑问
许多妇女生出了alien baby被她们的医生用做实验，Scully的医生也参与了，Scully想知道自己的孩子是否正常。通过Scully的回忆，确定Mulder曾经为Sully捐精，当时没有成功，不过后来Sully奇迹般的怀孕了。
8x14 This Is Not Happening 奇迹
Mulder被发现死了。
8x15 Deadalive 生与死
Mulder葬礼后3个月后被挖出来，又活了。
8x16 Three Words 对抗未来
一个人声称美国要被alien接管了，他有一张“fight the future”的CD。
8x17 Empedocles 邪火传承
可能杀死Doggett儿子的灵魂无休止的付在别人的身上，不停的杀人。
8x18 Vienen 外星异种
Mulder和Doggett到一个海上的钻井平台上调查被黑油感染的工人。
8x19 Alone 变异爬虫
一个MS的崇拜者暂时代替休产假的Scully和Agent Doggett一起调查一个可以变成爬行动物的人的案子。
Scully把Mulder送给她的阿波罗11号登月的钥匙扣送给了Agent Doggett。
8x20 Essence 奔逃
一个SculLy的妈妈请来的保姆换了Scully的药，大家都来保护Sully不受super soldier的追杀。
8x21 Existence 启明
排除万难，SculLy终于有了她的孩子，William。MS拥吻。
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